يعمل قسم المتابعة والتقييم على اتخاذ قرارات دقيقة بشأن اليتامى الذين يسجلون في المؤسسة من خلال المعلومات الواردة من قسم الرعاية لتقدم لهم المعونة من عدمها، إذ يتم الإعتماد على الوضع الإجتماعي والصحي للعائلة ووضع السكن والأثاث الذي يعد إحدى العوامل المهمة، حيث يُفحص ما إذا كانت العائلة تعيش بشكل مستقل أو مع أقاربها.
يُقدر الإحتياجات المالية الشهرية للعائلة بدقة، بما في ذلك الإيرادات الحالية والمصروفات المختلفة.
يتولى المقيم الأولي قرار احتضان العائلة ومدة الإحتضان، كما يعاد تقييم العائلة عبر المتابعة الدورية كل بضعة أشهر، وذلك لتحقيق عدة غايات منها التأكد من وصول الأموال لليتامى وتحسن حالهم وكذلك التأكد من استمرار استحقاق العائلة للمعونة ومعرفة احتياجات العائلة ومستجداتها، في جوانب المواد العينية والرعاية الصحية والتدريب المهني والتعليم.
يطور القسم عمله من خلال اختيار العناصر الجيدة وتدريبهم وأتمتة عمله ببرنامج موحد يجمع باقي أقسام المؤسسة، ويختصر إجراءات احتضان العائلة عبر استخدام الأجهزة اللوحية.
عمل القسم واحد من أهم الأقسام المعنية بتنفيذ وصية سماحة المرجع الديني الأعلى السيد علي الحسيني السيستاني (دام ظله الوارف) : وأوصي الجميع باستحضار مراقبة الله تعالى في السر والعلن وبرعاية الإحتياط فإنه طريق النجاة.